Nach vielen jahren guter Entwicklung wurde das Kloster während der Kriege im 16. und 17. Jahrhundert durch Plünderungen und Zerstörungen stark in Mitleidenschaft gezogen. Unter dem neuen Abt Benedikt Knittel erlebte das Koster von 1683 bis 1732 jedoch schon bald eine neue Blüte. Ihm verdankt die Klosteranlage vor allem ihr barockes Gesamtbild. In seiner Amtszeit wurde die bis dahin gotische Klosterkirche von Johann Leonhardt Dientzenhofer barock überformt und die palastartige Neue Abtei mit dem prächtigen Rokoko-Treppenhaus un dem großartigen Festsaal errichtet. Auch der Ordenssaal mit mehr als 300 Gemälden zeitgenössischer Ordenstrachten und der Kreuzgang mit dem Grabmal des Ritters Götz von Berlichingen sind sehr sehenswert. Der Bau der Heilig-Grab-Kapelle auf dem Kreuzberg vollendete das barocke klösterliche Gesamtkunstwerk. Heute werden die Gebäude von der katholischen Diözese Rottenburg-Stuttgart als Bildungshaus und als Landschulheim genutzt. eine interessante Dauerausstellung im Informationszentrum vermittelt Besuchern Details über die Geschichte des Klsoters.